細かく教えて頂き、ありがとうございました。
今後の参考にさせて頂きます。

質問の答え：　はい。

セットアップした後にRTPを置いてある場所を変更したのなら、
それが最初のエラーの原因だと思います。

RTP は DLL (※) ですから、(ツクールの)ゲームを起動する時に
そこから必要なデータを呼び出してメモリに読み込むわけです。
セットアップした時と場所が変わっていると、そこにあると思って
探しに行ったデータが見つからず、RTPが無いのと同じ状態の
「～が見つかりません」、「～がありません」、「～は開けません」
というエラーが出たのだと思います。　(多分合ってると思います)

※ DLL の説明 ↓
http://e-words.jp/w/DLL.html

もう一度セットアップをやり直したところ、ちゃんと起動しました。
本当にありがとうございます。

ところで質問なのですが、セットアップする際のインストール先を、元々入力されていた『ローカルディスク（Ｃ：）』以外のファイルに変更するとゲームを起動出来ないという事はありえますか？

そのエラー表示は、RTP(ランタイムパッケージ)が
セットアップ(インストール)されていない時に出ます。

ゲーム側のデータ破損でも出るけど、3ゲーム同時は
ありえないと思うのでRTPが原因だと考えられます。

RTPはダウンロードして解凍しただけではダメで、
必ずセットアップする必要があります。

ダウンロードした 『 RTPセットアップ 』 フォルダの中にある、
赤い箱に青い玉が入っている絵のアイコンをダブルクリックして
青色の画面のガイドに従ってセットアップしましたか？

でも、龍さんの質問には「次にRPG2000をインストールしました。」
と書いてあるので、もしかしたら不幸にもRTPの1部の
データが破損してしまっている可能性があります。
RPGツクール2000のRTPをもう1度ダウンロードして、
セットアップをやりなおすと解決すると思います。

もし、上に書いた説明でわかりにくかったら、
ココ ↓ のページの下半分を読んでください。
http://www.vector.co.jp/games/special/0407/003/
ベクターゲームズでの全く同じ質問への回答です。
(注意：古いのでRTPへのリンクは切れています)

起動方法はスタートメニューからで問題ないと思いますが、
ダメだったらゲームのデータが入っているフォルダの中にある
『 RTP_RT 』.exe(勇者が剣を立てて持っている絵のアイコン)
をダブルクリックしてみてください。