ウディタのdataファイル内にあるマップチップ素材を、PictBearなどのツールを使って加工すれば色を変えられます。

それ以外にウディタ内でもできます。
マップ全体の色を変えたいのであれば、「エフェクト」を使って画面の色調変更ができます。（夕暮れや夜を表現する時等）

特定のマップチップの色を変えるには、「ピクチャ」を使います。
表示タイプ[1]にして素材名を読み込み、縦と横の分割数を使用素材の規格に合わせて設定します。
座標やピクチャ番号なども、公式マニュアルなどを参照しながらいろいろ触ってみて下さい。
カラー（ＲＧＢ）をいじると色が変わります。
ピクチャを使うとマップ移動しても消えないので消す処理も忘れずに。