私は、町は使いやすさ等を考えて建物を配置してます。
例えば宿屋は一番最初に使う可能性が高いので、街の入り口近くに配置して、その周りに道具屋や酒場などの比較的よく使う店を置いてます。
主人公や町長の家は、町を見回りながら行く･帰る事も考えて町の一番奥にしてますね。

フィールドやダンジョンなんかは何となくで。
ただし毒沼と聖地が並ぶ等のありえない配置はしないようにしてます。