できました!!
あの地形の設定の下に書いてありましたね･･･
使い方がやっと分かりました。

マップ属性というより、地形の設定といった方が正しいです。
下層チップには、それぞれのチップに地形を設定できます。
編集モードを“地形”にして、右の方から地形を選択し、
それからチップをクリックすれば、
クリックしたチップが指定した地形になります。
また、“地形の一括設定”というのもあるので、
全ての下層チップを同じ地形にする場合は、
それを使うといいでしょう。

地形についてですが、
データベース内に『地形』というタグがあります。
そこで各地形の設定ができます。
キャラチップの半透明の設定は、
“通常キャラの表示方法”というところを設定すればOKです。

はい･･･チップの種類が違っていたようです。
単純なことでした･･･。

もうひとつの問題はなんと言ったらいいか。。。
解決してません。
マップ属性の設定のやり方っていうのが分からないです･･･

パッと思いつく原因は…
「通れる場所と通れない場所が出来た」
同じマップチップを使っているように見えて、実は微妙に違うマップチップを使ってしまっている場合もあります。
チップセットが違うと、同じ種類のマップチップでも通れないものになっていたりします。
「キャラチップが半透明になってしまうマップチップがある」
雪原や、深い草原などは仕様でそうなる事があります。
確か、マップ属性の設定で変更は出来たと思います。